使いたい動画素材に余計な部分が映っていてたり、素材の一部分をクローズアップして使いたいといったときに使えるクロップというエフェクトをがある。
テレビ番組で画面の隅っこに、スタジオの芸能人の顔だけ映っていたりするやつもこれを応用することで切ると思う。

このエフェクトをドラッグアンドドロップで素材に張り付ける。

以下のように、適用した素材に出現した水色のぽっちをドラッグアンドドロップして調節してもOK

すると、Effect Controlの方でも値が変化する。

Effect Controlの方で手入力する方法でもOK!
これで重ねた動画素材を小さくすることができた。